Báo cáo cuối cùng về Phenobank sinh w88 cái và xác nhận đàn

Tóm tắt

Dự án PhenoBank sinh w88 cái được thực hiện để thu thập các bộ dữ liệu mang lại nhiều thông tin cho việc xây dựng quần thể tham chiếu, giúp tạo điều kiện thuận lợi cho việc lựa chọn bộ gen ở bò Bắc Úc. Các bộ dữ liệu trong dự án này được thu thập với sự hỗ trợ từ các nhà w88 xuất thịt bò đã tình nguyện ghi lại hồ sơ năng suất của bò của họ, cùng với mẫu tóc hoặc mô để phân tích DNA. Công nghệ chip được sử dụng để xác định kiểu gen DNA, sau đó phân tích dữ liệu để phát hiện các dấu hiệu DNA liên quan và tính toán độ chính xác của việc lựa chọn bộ gen cho các đặc điểm sinh w88. Các đặc điểm được sử dụng tương đối dễ đo lường, tạo điều kiện thuận lợi cho việc áp dụng trong tương lai. Chúng dựa trên kết quả mang thai của mùa sinh w88 thứ nhất và thứ hai. Kết quả mang thai của bò cái tơ và khả năng tái sinh w88 của chúng là những đặc điểm di truyền, nằm trong kỳ vọng về các đặc điểm sinh w88 của con cái. Độ chính xác dự đoán của những đặc điểm này chứng tỏ tiềm năng của chúng trong việc sử dụng dữ liệu DNA để cải thiện hiệu quả sinh w88.

Mục tiêu

Mục tiêu 1: Tạo PhenoBank sinh w88 nữ. Nhiều bộ dữ liệu được tích hợp vào một cơ sở dữ liệu với vốn từ vựng được tiêu chuẩn hóa để xác định các đặc điểm sinh w88 của con cái. Phần mềm tùy chỉnh được phát triển để tích hợp nhiều bộ dữ liệu về kiểu hình và kiểu gen, đồng thời cung cấp quyền truy cập dữ liệu dễ dàng nhưng có kiểm soát cho người dùng cuối (tức là cộng tác viên PhenoBank). PhenoBank hiện đã tích hợp và so khớp kiểu hình và kiểu gen sinh w88 cái cho 10.507 con bò. Mức độ dữ liệu toàn bộ bộ gen về các giống nhiệt đới này là một nguồn tài nguyên đẳng cấp thế giới.

Mục tiêu 2: Xác định các đột biến chức năng đối với đặc điểm sinh w88 của con cái. Cơ sở dữ liệu PhenoBank được sử dụng để xác định các đột biến liên quan đến đặc điểm sinh w88 của con cái và xác nhận rằng kiểu hình sinh w88 của con cái là các đặc điểm đa gen, với nhiều đột biến liên quan, tất cả đều có tác động tương đối nhỏ riêng lẻ.

Mục tiêu 3: Xác nhận và đàn công nghiệp. Các đột biến được xác định trong Mục tiêu 2 được sử dụng để cung cấp thông tin cho các phân tích chọn lọc bộ gen tiếp theo và trong bối cảnh này, chúng đã được xác thực. Phân tích này bổ sung thêm bằng chứng hoặc bằng chứng về khái niệm cho ý tưởng sử dụng các đột biến liên quan để nâng cao khả năng dự đoán trong bộ dữ liệu của ngành. Kết quả có thể đo lường được của công việc này là độ chính xác ước tính của Giá trị giống ước tính về gen (gEBV) trên các quần thể gia súc độc lập.

Mục tiêu 4: Giao thức cơ sở dữ liệu. Việc thiết lập cơ sở hạ tầng phù hợp để lưu trữ dữ liệu PhenoBank yêu cầu các giao thức chuẩn hóa để nhập, thao tác và xuất dữ liệu, bao gồm cả siêu dữ liệu để đảm bảo nhận dạng nguồn và sử dụng phù hợp. Hướng dẫn sử dụng PhenoBank đã được phát triển.

Những phát hiện chính

- Cả ứng dụng front-end dựa trên windows và web đều được phát triển để Phenobank truy cập Nền tảng thông tin chăn nuôi (LIP). Các ứng dụng được phát triển với sự tư vấn của tất cả các nhà nghiên cứu PhenoBank và phần mềm được cải thiện trong mọi tương tác.
- Mô hình gen của hai tính trạng PREG1 (kết quả mang thai của mùa sinh w88 thứ nhất và mùa sinh w88 thứ hai), hệ số di truyền ước tính lần lượt là 0,17 và 0,21. Những khả năng di truyền này xác nhận khả năng chọn lọc những đặc điểm dựa trên ngành này.
- Độ chính xác của việc chọn lọc bộ gen được cải thiện khi sử dụng kết quả GWAS để đưa ra dự đoán.

Lợi ích cho ngành

Ngành công nghiệp thịt bò phía Bắc hiện có nền tảng vững chắc để củng cố những lợi ích di truyền đáng kể về đặc điểm sinh w88 của con cái. Cơ sở dữ liệu được tạo ra và dữ liệu được tập hợp có thể được cung cấp cho các nhà di truyền học gia súc ở Úc để cải thiện dự đoán của họ về giá trị di truyền đối với các đặc điểm sinh w88 của con cái. Nguồn lực của PhenoBank có thể thông báo việc sử dụng dữ liệu gen để nhân giống gia súc thích nghi với vùng nhiệt đới. Đối tượng chính của nghiên cứu này là các nhà w88 xuất thịt bò, đặc biệt là chăn nuôi các đàn gia súc thích nghi với vùng nhiệt đới ở Bắc Úc và các nhà di truyền học đang tìm cách cung cấp thông tin và dịch vụ cho các nhà w88 xuất này.

Hành động MLA

Nên dùng
1) để tiếp tục nghiên cứu trong lĩnh vực này bằng cách sử dụng dữ liệu đầy đủ của PhenoBank
2) để phát triển hơn nữa cơ sở dữ liệu PhenoBank để có thể lưu trữ dữ liệu cấp độ trình tự (tức là hàng triệu điểm đánh dấu DNA trên mỗi con vật)
3) để điều tra xem liệu các nguồn lực của PhenoBank có thể được tích hợp với các dự án khác để nâng cao hơn nữa quần thể tham chiếu có sẵn cho các đặc điểm sinh w88 nữ
4) để cung cấp lại kiểu hình và kiểu gen cụ thể của đàn cho nhà w88 xuất đã tình nguyện cung cấp dữ liệu và mẫu của họ

Nghiên cứu trong tương lai

Nâng cấp phần mềm cho phép lưu trữ và sử dụng dữ liệu cấp trình tự sẽ nâng cao hoạt động khám phá. Ngoài ra còn có tiềm năng khám phá mối tương quan di truyền giữa các đặc điểm ở Phenobank và những đặc điểm được đo lường trong các dự án khác, chẳng hạn như Repronomics và Smart Futures. Có khả năng, những dự án này có thể trở thành một nguồn dữ liệu khác để Phenobank cuối cùng tạo ra những dự đoán chắc chắn hơn. Tương tự như vậy, dữ liệu PhenoBank có thể được cung cấp cho các nhà w88 xuất, nhà nghiên cứu và các chương trình cải tiến gen để dữ liệu được thu thập bằng quỹ MLA mang lại lợi ích cho mọi người trong ngành.