Tóm tắt
Dự án này là một 'bằng chứng về khái niệm' để xác định các đột dang ky w88 chức năng thông qua sự kết hợp giữa các nghiên cứu liên kết trên toàn bộ gen (GWAS) và các bộ gen được giải trình tự. Nhắm mục tiêu 69 bộ gen được giải trình tự cho phép khám phá các gen được xác định thông qua GWAS (trong CRC Thịt bò) với độ chi tiết cao hơn, dẫn đến việc phát hiện ra 13 đột dang ky w88 chức năng giả định. Những đột dang ky w88 này là các dấu hiệu di truyền mới và 10 đột dang ky w88 trong số đó có liên quan đáng kể đến chu vi bìu và tỷ lệ tinh trùng bình thường trong một quần thể bò thịt lai độc lập. Các mối liên quan này chỉ ra 9 gen trong nhiễm sắc thể X và một gen quan trọng trong nhiễm sắc thể số 5. Các gen quan trọng trong X là LOC100138021, CENPI, TAF7L, NXF2, CYLC1, UXT, SPACA5, TEX11 và AR. Gen HELB, được ánh xạ tới nhiễm sắc thể số 5, có liên quan đến chu vi bìu. Chúng tôi cũng xác nhận mối liên quan giữa đột dang ky w88 gen PLAG1 và chu vi bìu. Việc xác nhận các dấu hiệu như vậy biện minh cho việc khai thác thêm quần thể giống hỗn hợp. Sau đó, 1.012 con bò đực của quần thể này được xác định kiểu gen bằng cách sử dụng chip 74.000 SNP. Kiểu gen của chip cho phép nghiên cứu liên kết toàn bộ bộ gen và phân tích chọn lọc bộ gen mới. Tất cả các kiểu gen đã được đưa vào cơ sở dữ liệu kế thừa CRC Bò để hỗ trợ tiếp tục cải tiến các chiến lược chọn lọc bộ gen cho bò thịt nhiệt đới. Trong phân tích của chúng tôi, việc kết hợp 1.012 con bò đực mới này vào tập dữ liệu huấn luyện đã cải thiện độ chính xác của việc lựa chọn bộ gen (độ chính xác cao hơn từ 1 đến 4%) để đo chu vi bìu giữa các quần thể và giống. Sự bao gồm các đột dang ky w88 chức năng có tác động đáng kể (P< 0.001) and positive impact in the genomic prediction models for scrotal circumference. Functional mutations are likely to have similarly significant impact in other traits and can be incorporated in genomic models once they are discovered. Further research is required to discover more functional mutations related to female reproductive traits and production traits (i.e. meat traits or adaptation traits).
