Tóm tắt
Khả năng suy luận chính xác các mối w88 is hệ của động vật thông qua di truyền chung củng cố khả năng của chúng tôi trong việc thực hiện lựa chọn bộ gen và diễn giải các nghiên cứu GWAS. Những điều này lần lượt thúc đẩy tốc độ chọn lọc nhân tạo và phát hiện các gen góp phần tạo ra các đặc tính thương mại. Trong các báo cáo w88 is trọng trước đây, chúng tôi đã khám phá suy luận về mối w88 is hệ giữa đàn gia súc và đàn cừu bằng cách sử dụng thước đo tương tự mới gọi là Khoảng cách nén chuẩn hóa (NCD). Cách tiếp cận này mang lại Ma trận w88 is hệ nén (CRM). Giống như các phân tích mối w88 is hệ di truyền hiện có dựa trên mối tương w88 is, chẳng hạn như ma trận mối w88 is hệ gen (GRM), số liệu mới định lượng sự tương đồng giữa các mẫu số trong dữ liệu SNP - nghĩa là thành phần và thứ tự alen được chia sẻ (ở các mức độ khác nhau) theo các cặp gen. Không có gì đáng ngạc nhiên, trước đây chúng tôi đã tìm thấy sự phù hợp rất cao giữa CRM và GRM và mọi xếp hạng di truyền được thực hiện theo hai phương pháp sẽ rất giống nhau. Một phát hiện đáng chú ý là phương pháp CRM mới có thể phân biệt đối xử về mặt di truyền đối với các cá thể có w88 is hệ họ hàng rất gần gũi (chẳng hạn như anh chị em cùng cha khác mẹ với anh chị em ruột) trong các quần thể cừu và gia súc mà GRM không thể.
Trong báo cáo cuối cùng này, chúng tôi tập trung vào việc khám phá sâu hơn về di truyền trọng lượng con non một tuổi ở bò Brahman (BB) và Bò nhiệt đới Composite (TC). Sử dụng chip Indicus SNP 71K mới nhất, chúng tôi khám phá khả năng di truyền và các thông số di truyền theo các giả định thông thường. Hơn nữa, chúng tôi đã khám phá một cách có hệ thống tác động của 3 ma trận mối w88 is hệ khác nhau (NRM, GRM và CRM) một cách riêng biệt và tất cả các kết hợp trong đó. Điều đáng ngạc nhiên là chúng tôi nhận thấy rằng phiên bản thích nghi của CRM làm giảm 'khả năng di truyền bị thiếu' liên w88 is đến trọng lượng trẻ sơ sinh ở cả hai giống. Đầu ra NCD trước tiên cần phải được ánh xạ theo cách 1) nó tận dụng độ nhạy cao của NCD nhưng sau đó 2) tạo cơ sở cho đầu ra mạnh mẽ hơn về mặt sinh học của di truyền thông qua bệnh teo cơ (~0,5 chia sẻ cho các anh chị em đầy đủ, ~ 0,25 cho các anh chị em cùng cha khác mẹ, v.v.). Cuối cùng, ứng dụng phương pháp nén dựa trên cửa sổ trượt sẽ phục hồi các vùng tiến hóa được w88 is tâm giữa hai quần thể. Một số trùng lặp với các chữ ký lựa chọn đã được thiết lập. Phần còn lại có lẽ phản ánh những nút thắt cổ chai và các hiện tượng lịch sử dân số khác.
Việc đáp ứng 4 mục tiêu nghiên cứu của chúng tôi có thể được tóm tắt như sau:
1) Chúng tôi đã sử dụng hiệu suất nén để suy luận chính xác mối liên w88 is di truyền giữa các động vật. Chúng tôi đã xác thực kết quả mới của mình dựa trên đặc điểm sinh học đã biết của 4 quần thể được đề cập (2 con bò và 2 con cừu) và so sánh các dự đoán độc lập do GRM đưa ra. Một số bằng chứng cho thấy CRM đặc biệt nhạy cảm trong việc phân biệt đối xử với các cá nhân có w88 is hệ họ hàng rất chặt chẽ.
2) Chúng tôi đã sử dụng hiệu quả nén để xác minh nguồn gốc. Chúng tôi nhận thấy rằng các nhóm đực giống từ đàn cừu Faulkner có thể được phân nhóm thành công dựa trên hiệu quả nén tạo ra 3 cụm chính phản ánh chính xác mối w88 is hệ giữa các cấp giống.
3) Chúng tôi đã sử dụng CRM để dự đoán Giá trị Giống Ước tính. Chúng tôi đã sử dụng các mối w88 is hệ được CRM dự đoán để ước tính các thông số di truyền cho bò BB và TC. Một phiên bản CRM hoạt động rất tốt, giải thích được nhiều phương sai di truyền hơn, cho thấy khả năng di truyền bị thiếu giảm và mang lại sự gia tăng độ chính xác về kiểu hình so với không chỉ NRM mà cả GRM.
4) Chúng tôi đã xuất bản một bản thảo trên BMC Bioinformatics (Hudson et al 2014b), được trình bày tại hội nghị WCGALP 2014 (Hudson et al 2014a) và đang chuẩn bị một bản thảo khác.
